Uma coisa que reparei é que você não precisa ver as cutscenes de todos os finais possÃveis, você apenas tem que chegar a todas as conclusões possÃveis (ou seja, chegar ao neurônio amarelo de todas). Logo que um neurônio fica amarelo o jogo salva e entende que você chegou a certa conclusão.
O que aconteceu comigo é que vi depois no guia que tinha que ver as cutscenes, e até isso eu só estava chegando aos neurônios amarelos e trocando. Quando fui "limpar" o jogo, logo no primeiro caso, quando cheguei a conclusão de que o Neligan era culpado (deixando o neurônio amarelo), o troféu pingou, sem nem clicar no neurônio e muito menos ver a cena final. Ou seja, ele considerou como uma conclusão tanto essa quanto as outras que eu fiz no jogo todo (senão teria que fazer mais 3 casos todos de novo)
Não faz tanta diferença, mas pelo menos lhe poupa tempo :)