Comigo rolou assim:
Tentei o "But it's Inflammable!", ganhei o challenge mas não o troféu. Não salvei. Tentei em seguida o "Miracle Worker" e também só completei o challenge, o troféu não pulou. Não salvei e saà do jogo. Voltei, tentei o "Miracle Worker", consegui, em seguida tentei o "But it's Inflammable!" e também veio sem problemas.
Não sei o que vocês fizeram exatamente, mas acho que a merda está em completar o challenge, não ganhar o troféu e salvar. Se não salvar, aparentemente não precisa reinstalar o jogo e acabar perdendo o config.